上海海事大学设有2个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程），2个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程），9个二级学科博士点，12个一级学科硕士学位授权点，44个二级学科硕士学位授权点，6个专业硕士点（包括工商管理硕士MBA、高级管理人员工商管理硕士EMBA、法律硕士、翻译硕士、工程管理硕士、工程硕士），45个本科专业，12个高职专业。拥有集装箱供应链技术教育部工程研究中心、航运仿真技术教育部工程研究中心、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、教育部科技查新工作站、上海市高校知识服务平台高级战略研究中心——上海国际航运研究中心、上海市普通高校人文社会科学重点研究基地——上海海事大学海商法研究中心、上海航运物流信息工程技术研究中心、上海市社会科学创新研究基地（上海航运中心建设研究方向）等省部级重点研究基地。现有1个国家重点（培育）学科（交通运输规划与管理），5个国家级特色专业（航海技术、物流管理、机械设计制造及其自动化、轮机工程、航运管理），9个部市级重点学科，17个上海市本科教育高地。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮，新建4.8万吨级扬子最大型散货教学实习船计划2012年底投入使用。